Resumo PO2-09-05: Construção de dados genômicos e transcriptômicos entre pacientes afro-americanos e negros com câncer de mama inflamatório triplo-negativo

Resumo Introdução: O câncer de mama inflamatório (IBC) é um câncer de mama agressivo associado a baixa resposta e metástases precoces. Representa uma disparidade de saúde, com maior incidência e piores desfechos em pacientes negros comparados aos brancos. Além disso, o IBC é enriquecido para o subtipo receptor triplo-negativo mais agressivo, TN-IBC, e esse subtipo é mais prevalente entre pacientes negros com IBC. É crítico identificar características genéticas e moleculares que possam orientar melhores tratamentos para esses cânceres agressivos entre as raças, sendo assim imperativo identificar e aumentar a representação racial em conjuntos de dados bioinformáticos. Analisamos anteriormente amostras de pacientes com TN-IBC por meio de análises genômicas e transcriptômicas abrangentes e, aqui, examinamos as diferenças entre pacientes que se identificam como afro-americanos ou negros (AA/B) e outras raças entre pacientes com IBC. Métodos: Conforme descrito anteriormente, coletamos amostras pareadas de sangue e tumor baseline antes do tratamento de 19 pacientes com TN-IBC primário. Realizamos sequenciamento do exoma completo e RNA-seq nessas amostras e comparamos mutações e genes diferencialmente expressos (DEGs). Resultados foram comparados entre tecidos de 3 pacientes AA/B vs os 16 casos restantes (Outros). Resultados: Mutações compartilhadas por todos os pacientes AA/B incluíram amplificação dos cinco genes emblemáticos mais mutados na coorte completa: ARNT, BCL9, DDR2, FCGR2B e LMNA (todos 100% nos pacientes AA/B vs 50% na coorte Outros). Todos os pacientes AA/B apresentaram mutação em Notch1 (duas deleções e uma mutação missense, 100% AA/B vs 6% Outros (uma deleção)). A comparação dos DEGs e análises de enriquecimento de conjuntos de genes da base de assinaturas moleculares Broad (MSigDB) demonstra que a maioria dos DEGs está regulada negativamente nesses pacientes AA/B. Seis dos 20 principais conjuntos de genes negativamente regulados do grupo C2 da MSigDB estão relacionados ao subtipo de câncer de mama e, entre esta coorte TN-IBC, a expressão tumoral AA/B foi negativamente regulada para genes relacionados aos subtipos luminal e normal em múltiplos conjuntos e enriquecida para genes relacionados ao metaplástico de Lien. Nos conjuntos C5 da MSigDB, mais da metade dos 20 principais conjuntos enriquecidos relacionados à ontologia gênica entre os pacientes AA/B dizia respeito a cromossomos, cromatina, montagem do fuso ou ligação a histonas, enquanto 16 dos 20 principais conjuntos enriquecidos negativamente relacionavam-se à função imune. Múltiplas vias KEGG enriquecidas nos casos AA/B estavam relacionadas ao processamento e expressão de RNA e replicação e reparo de DNA. Finalmente, os conjuntos de genes emblemáticos enriquecidos nos pacientes AA/B estavam relacionados ao ciclo celular e aos alvos de Myc, Hedgehog, B-catenina, TGFb e TNFa via NFKb, enquanto os principais conjuntos significativamente negativamente regulados estavam relacionados ao metabolismo e resposta imune. Conclusão: Embora resultados de um pequeno tamanho amostral só possam ser considerados geradores de hipóteses, alguns padrões emergem dos dados desta rara coorte de pacientes AA/B com TN IBC. Esses tumores parecem desprovidos de sinais luminais, caracterizados por sinais de ciclo celular e remodelação da cromatina, enriquecidos para sinalização típica de autorrenovação de células-tronco e possivelmente mais imunodeprimidos do que outros TN-IBC. São necessários trabalhos adicionais para construir dados transcriptômicos de IBC racialmente diversos para desenvolver estratégias que melhorem o entendimento e os desfechos desses pacientes. Formato da citação: Wencai Ma, Li Zhao, Gayathri Devi, Savitri Krishnamurthy, Larry Coffer, Angela Alexander, Megumi Kai, Xiaoping Wang, Huong Le-Petross, Miral Patel, Bisrat Debeb, Chandra Bartholomeusz, Jianhua Zhang, Xingzhi Song, Andrew Futreal, Naoto Ueno, Rachel Layman, Anthony Lucci, Jing Wang, Wendy Woodward. Construção de dados genômicos e transcriptômicos entre pacientes afro-americanos e negros com câncer de mama inflamatório triplo-negativo resumo. In: Proceedings of the 2023 San Antonio Breast Cancer Symposium; 5-9 Dec 2023; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(9 Suppl):Resumo nr PO2-09-05.