BLAT—A Ferramenta de Alinhamento Semelhante ao BLAST

Analisar genomas de vertebrados requer alinhamentos rápidos de mRNA/DNA e proteínas entre espécies. Uma nova ferramenta, BLAT, é mais precisa e 500 vezes mais rápida do que as ferramentas populares existentes para alinhamentos de mRNA/DNA e 50 vezes mais rápida para alinhamentos de proteínas em configurações de sensibilidade tipicamente usadas na comparação de sequências de vertebrados. A velocidade do BLAT se deve a um índice de todos os K-mers não sobrepostos no genoma. Esse índice cabe na RAM de computadores baratos e precisa ser calculado apenas uma vez para cada montagem do genoma. O BLAT possui várias etapas principais. Ele usa o índice para encontrar regiões no genoma provavelmente homólogas à sequência consulta. Realiza um alinhamento entre regiões homólogas. Costura essas regiões alinhadas (frequentemente éxons) em alinhamentos maiores (tipicamente genes). Por fim, o BLAT revisita pequenos éxons internos possivelmente perdidos na primeira etapa e ajusta limites de grandes lacunas que possuem sítios canônicos de splicing quando viável. Este artigo descreve como o BLAT foi otimizado. São explorados os efeitos na velocidade e sensibilidade para vários tamanhos de K-mer, esquemas de incompatibilidade e número de correspondências exigidas no índice. O BLAT é comparado com outros programas de alinhamento em vários conjuntos de testes e depois usado em diversas aplicações genômicas em larga escala. http://genome.ucsc.edu hospeda um servidor BLAT baseado na web para o genoma humano.