Velvet: Algoritmos para montagem de novo de leituras curtas usando grafos de de Bruijn

Desenvolvemos um novo conjunto de algoritmos, coletivamente chamados "Velvet", para manipulação de grafos de de Bruijn na montagem de sequências genômicas. Um grafo de de Bruijn é uma representação compacta baseada em palavras curtas (k-mers) que é ideal para conjuntos de dados de alta cobertura e leituras muito curtas (25-50 pb). Aplicando Velvet apenas a leituras muito curtas e informações de pares de extremidades, é possível produzir contigs de comprimento significativo, até 50-kb no comprimento N50 em simulações de dados procarióticos e 3-kb N50 em BACs mamíferos simulados. Quando aplicado a conjuntos reais de dados Solexa sem pares de leitura, Velvet gerou contigs de aproximadamente 8 kb em um procarionte e 2 kb em um BAC mamífero, em concordância próxima com nossos resultados simulados sem informações de pares de leitura. Velvet representa uma nova abordagem para montagem que pode aproveitar leituras muito curtas em combinação com pares de leitura para produzir montagens úteis.