Marcadores Imunes Espacialmente Resolvidos no Bloqueio de Checkpoint Imune Neoadjuvante para Melanoma

Resumo Contexto: Os recentes ensaios clínicos revolucionários de bloqueio de checkpoint imune neoadjuvante (NICB) em melanoma demonstraram decisivamente que a administração de ICB antes das cirurgias com intenção curativa se tornará o novo padrão de cuidado para melanoma metastático e além. A mudança de paradigma da avaliação radiográfica para patológica também apresenta uma "janela de oportunidade" incomparável para a aquisição de tecidos abundantes "em tratamento" para elucidar os mecanismos e biomarcadores de resposta e para orientar decisões de terapia personalizada pós-cirurgia. Até o momento, estudos de RNA unicelular/em massa demonstraram que células T CD8+ com fenótipo de células-tronco TCF7+ e estruturas linfóides terciárias (TLS) são preditores positivos de resposta ao ICB. No entanto, como essas células imunes se organizam e comunicam dentro do contexto espacial do microambiente tumoral neoadjuvante permanece pouco compreendido. Métodos: Investigamos uma coorte única de 91 biópsias FFPE de 87 pacientes com melanoma metastático estágio III, incluindo 60 tratados com NICB (31 resposta completa, 7 resposta parcial, 22 sem resposta) e 27 não tratados. Utilizamos tecnologias de ponta, incluindo hibridização in situ fluorescente multiplexada robusta a erros (MERFISH), sequenciamento unicelular de blocos FFPE e IF multiplexada para esse rico recurso digital. Importante, para analisar esses complexos conjuntos de dados espaciais de alta dimensionalidade, desenvolvemos 3 novos algoritmos computacionais, incluindo SCIRA, um método escalável de quantificação para interações espaciais receptor-ligante (R-L); GC-SCAN, um método de agrupamento baseado em grafos para detectar estruturas de Centro Germinativo (GC)/TLS em dados espaciais unicelulares; e PathNet, um algoritmo de IA ponta a ponta para detecção automatizada de GC/TLS em H Parte 1 (Resumo Regular); 2026 Abr 17-22; San Diego, CA. Filadélfia (PA): AACR; Cancer Res 2026;86(7 Suppl):Resumo nr 6564.