Implicações etiológicas e funcionais potenciais dos loci de associação genômica ampla para doenças e características humanas

Desenvolvemos um catálogo online de associações SNP-traço a partir de estudos de associação genômica ampla publicados para uso na investigação das características genômicas dos SNPs associados a traços/doenças (TASs). Os TASs relatados eram comuns com frequência mediana do alelo de risco de 36%, intervalo interquartil (IQR) de 21% a 53% e estavam associados a tamanhos de efeito modestos, mediana da razão de chances (OR) de 1,33, IQR de 1,20 a 1,61. Entre 20 conjuntos de anotações genômicas, os TASs relatados foram significativamente super-representados apenas em sítios não sinônimos OR = 3,9 (2,2-7,0), p = 3,5 x 10⁻⁷ e regiões promotoras de 5 kb OR = 2,3 (1,5-3,6), p = 3 x 10⁻⁴ em comparação com SNPs selecionados aleatoriamente de arrays de genotipagem. Embora 88% dos TASs fossem intrônicos (45%) ou intergênicos (43%), os TASs não estavam super-representados em íntrons e foram significativamente depletados em regiões intergênicas OR = 0,44 (0,34-0,58), p = 2,0 x 10⁻⁹. Apenas um pouco mais de TASs do que o esperado por acaso foram previstos para estar em regiões sob seleção positiva OR = 1,3 (0,8-2,1), p = 0,2. Este novo recurso online, juntamente com previsões bioinformáticas da funcionalidade subjacente nos loci associados a traços/doenças, é bem adequado para direcionar investigações futuras sobre o papel dos variantes comuns na etiologia de doenças complexas.