O banco de dados PRIDE e ferramentas e recursos relacionados em 2019: melhorando o suporte para dados de quantificação

O banco de dados PRoteomics IDEntifications (PRIDE) (https://www.ebi.ac.uk/pride/) é o maior repositório mundial de dados de proteômica baseados em espectrometria de massa e é um dos membros fundadores do consórcio global ProteomeXchange (PX). Neste manuscrito, resumimos os desenvolvimentos nos recursos do PRIDE e ferramentas relacionadas desde a última atualização publicada no Nucleic Acids Research em 2016. Nos últimos 3 anos, o compartilhamento público de dados via PRIDE (como parte do PX) tornou-se definitivamente a norma na área. Paralelamente, o reuso de dados públicos de proteômica aumentou enormemente, com múltiplas aplicações. Primeiro, descrevemos a nova arquitetura do PRIDE Archive, o componente arquivístico do PRIDE. O PRIDE Archive e o framework relacionado de submissão de dados foram desenvolvidos para apoiar o aumento nos volumes de dados submetidos e tipos adicionais de dados. Um novo backend de armazenamento escalável e tolerante a falhas, Interface de Programação de Aplicações (API) e interface web foram implementados, como parte de um processo contínuo. Além disso, destacamos o suporte aprimorado para dados quantitativos de proteômica através do formato mzTab. Por fim, apresentamos estatísticas chave sobre os atuais conteúdos de dados e volume de downloads, e como os dados do PRIDE estão começando a ser disseminados para recursos de valor agregado incluindo Ensembl, UniProt e Expression Atlas.