Valores de p por permutação nunca devem ser zero: cálculo exato de valores de p quando as permutações são sorteadas aleatoriamente

Testes de permutação estão entre as ferramentas estatísticas mais usadas na pesquisa genômica moderna, um processo pelo qual valores de p são atribuídos a uma estatística de teste pela permutação aleatória das amostras ou etiquetas genéticas. Contudo, valores de p por permutação publicados na literatura genômica são frequentemente calculados incorretamente, subestimados por cerca de 1/m, onde m é o número de permutações. O mesmo ocorre na situação mais geral em que a simulação de Monte Carlo é usada para atribuir valores de p. Embora a subestimação do valor de p geralmente seja pequena em termos absolutos, as implicações podem ser sérias no contexto de testes múltiplos. A subestimação advém da ideia intuitiva, porém equivocada, de usar permutação para estimar a probabilidade na cauda da estatística de teste. Argumentamos, em vez disso, que a permutação deve ser vista como gerando uma distribuição nula discreta exata. A literatura relevante, parte da qual provavelmente tem sido relativamente inacessível à comunidade genômica, é revisada e resumida. Uma estratégia computacional é desenvolvida para valores de p exatos quando as permutações são sorteadas aleatoriamente. A estratégia é válida para qualquer número de permutações e amostras. Algumas recomendações simples são feitas para a implementação prática de testes de permutação.