ChEA3: análise de enriquecimento de fatores de transcrição por integração ortogonal de ômicas

Identificar os fatores de transcrição (TFs) responsáveis pelas mudanças observadas na expressão gênica é um passo importante para compreender redes regulatórias gênicas. ChIP-X Enrichment Analysis 3 (ChEA3) é uma ferramenta de análise de enriquecimento de fatores de transcrição que classifica TFs associados a conjuntos de genes submetidos pelo usuário. O banco de dados de fundo do ChEA3 contém uma coleção de bibliotecas de conjuntos de genes geradas a partir de múltiplas fontes, incluindo coexpressão TF-gene de estudos RNA-seq, associações TF-alvo de experimentos ChIP-seq, e coocorrência TF-gene calculada a partir de listas de genes submetidas por colaboradores. Resultados de enriquecimento dessas fontes distintas são integrados para gerar uma classificação composta que melhora a predição do TF upstream correto em comparação às classificações produzidas por bibliotecas individuais. Comparamos o ChEA3 com ferramentas existentes de predição de TFs e mostramos que o ChEA3 apresenta melhor desempenho. Ao integrar as bibliotecas do ChEA3, evidenciamos propriedades gerais dos fatores de transcrição, como se o TF atua como ativador ou repressor. O servidor web ChEA3 está disponível em https://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3.