KEGG para integração e interpretação de conjuntos de dados moleculares em grande escala

A Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG, http://www.genome.jp/kegg/ ou http://www.kegg.jp/) é um recurso de banco de dados que integra informações genômicas, químicas e funcionais sistêmicas. Em particular, catálogos de genes de genomas completamente sequenciados são ligados a funções sistêmicas de nível superior da célula, do organismo e do ecossistema. Esforços importantes foram realizados para criar manualmente uma base de conhecimento para tais funções sistêmicas, capturando e organizando o conhecimento experimental em formas computáveis; a saber, nas formas de mapas de vias KEGG, hierarquias funcionais BRITE e módulos KEGG. Esforços contínuos também têm sido feitos para desenvolver e aprimorar o procedimento de anotação entre espécies para ligar genomas às redes moleculares através do sistema KEGG Orthology. Aqui reportamos o KEGG Mapper, uma coleção de ferramentas para mapeamento KEGG PATHWAY, BRITE e MODULE, permitindo a integração e interpretação de conjuntos de dados em grande escala. Também reportamos uma variante do procedimento de mapeamento KEGG para estender a base de conhecimento, onde diferentes tipos de dados e conhecimento, como genes de doenças e alvos de drogas, são integrados como parte das redes moleculares KEGG. Finalmente, descrevemos aprimoramentos recentes no conteúdo KEGG, especialmente a incorporação de informações sobre doenças e drogas utilizadas na prática e na sociedade, para suportar a bioinformática translacional.