Predizendo o Efeito Funcional de Mutações Missense Humanas Usando PolyPhen‐2

PolyPhen-2 (Polymorphism Phenotyping v2), disponível como software e via servidor Web, prevê o possível impacto das substituições de aminoácidos na estabilidade e função das proteínas humanas usando considerações estruturais e evolutivas comparativas. Ele realiza anotação funcional de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), mapeia SNPs codificadores para transcritos gênicos, extrai anotações de sequências proteicas e atributos estruturais, e constrói perfis de conservação. Em seguida, estima a probabilidade da mutação missense ser danosa com base na combinação de todas essas propriedades. As características do PolyPhen-2 incluem um pipeline de alinhamento múltiplo de sequências proteicas de alta qualidade e um método de predição que emprega classificação por aprendizado de máquina. O software também integra as anotações do genoma humano do UCSC Genome Browser e alinhamentos múltiplos MultiZ de genomas de vertebrados com o genoma humano. O PolyPhen-2 é capaz de analisar grandes volumes de dados produzidos por projetos de sequenciamento de nova geração, graças ao suporte incorporado para ambientes de computação de alto desempenho como Grid Engine e Platform LSF.