Tecnologias de transcriptômica espacial e proteômica para deconvolução do microambiente tumoral

O microambiente tumoral (TME) contém conteúdos heterogêneos e desempenha papéis críticos na tumorigenese, metastase e resistência a medicamentos. Portanto, a deconvolução do TME torna-se cada vez mais essencial para todos os aspectos da pesquisa e tratamento do câncer. Novas tecnologias de perfil molecular espacialmente resolvidas e de alto plex surgem rapidamente como ferramentas poderosas para obter um entendimento aprofundado das perspectivas do TME devido à sua capacidade de permitir perfilamento de proteínas e RNA de alto plex, mantendo informações espaciais valiosas. Baseados em nossa experiência prática, revisamos uma variedade de tecnologias proteogenômicas espaciais disponíveis, incluindo 10X Visium, GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP), CODEX e Multi-Omyx baseados em imunofluorescência cíclica, espectrometria de massa (MS) com espectrometria de massa por imagem (IMS) e ion-beam imaging multiplexado (MIBI). Também discutimos FISSEQ, MERFISH, Slide-seq e HDST, algumas das quais podem se tornar comercialmente disponíveis em um futuro próximo. Em particular, com nossa experiência, elaboramos sobre o DSP para perfilamento proteogenômico espacial, discutindo suas características únicas projetadas para imunooncologia e propomos expectativas para sua direção futura. As tecnologias espaciais emergentes estão remodelando rapidamente a magnitude do nosso entendimento do TME.