Análise de Significância de Microarrays Aplicada à Resposta à Radiação Ionizante

Microarrays podem medir a expressão de milhares de genes para identificar mudanças na expressão entre diferentes estados biológicos. São necessários métodos para determinar a significância dessas mudanças levando em conta o enorme número de genes. Descrevemos um método, Significance Analysis of Microarrays (SAM), que atribui uma pontuação a cada gene com base na mudança na expressão gênica relativa ao desvio padrão de medições repetidas. Para genes com pontuações maiores que um limiar ajustável, o SAM usa permutações das medições repetidas para estimar a porcentagem de genes identificados por acaso, a taxa de descobertas falsas (FDR). Quando a resposta transcricional de células humanas à radiação ionizante foi medida por microarrays, o SAM identificou 34 genes que mudaram pelo menos 1,5 vezes com um FDR estimado de 12%, comparado com FDRs de 60 e 84% ao usar métodos convencionais de análise. Dos 34 genes, 19 estavam envolvidos na regulação do ciclo celular e 3 na apoptose. Surpreendentemente, quatro genes de reparo por excisão de nucleotídeos foram induzidos, sugerindo que essa via de reparo para DNA danificado por UV pode desempenhar um papel até então não reconhecido na reparação de DNA danificado por radiação ionizante.