Integração contínua de análise de imagem e molecular para fluxos de trabalho de transcriptômica espacial

ANTECEDENTES: Avanços recentes nas tecnologias de expressão gênica in situ constituem um campo novo e em rápida evolução da transcriptômica. Com o lançamento recente da plataforma 10x Genomics Visium, esses métodos começaram a ser amplamente adotados. O protocolo experimental é conduzido em seções individuais de tecido coletadas de uma amostra maior. A natureza bidimensional desses dados requer que múltiplas seções consecutivas sejam coletadas da amostra para construir um mapa tridimensional abrangente do tecido. No entanto, atualmente não existe software disponível que permita ao usuário processar as imagens, alinhar experimentos empilhados e finalmente visualizá-los em conjunto em 3D para criar uma visão holística do tecido. RESULTADOS: Desenvolvemos um pacote R chamado STUtility que recebe dados 10x Genomics Visium como entrada e oferece funcionalidades para realizar transformações padronizadas de dados, alinhamento de múltiplas seções de tecido, anotação regional e visualizações dos dados combinados em um modelo 3D. CONCLUSÕES: O STUtility permite ao usuário processar, analisar e visualizar múltiplas amostras de sequenciamento de RNA espacialmente resolvido e dados de imagem da plataforma 10x Genomics Visium. O pacote baseia-se no framework Seurat e utiliza APIs familiares e métodos de análise consolidados. Uma introdução ao pacote de software está disponível em https: //ludvigla. github. io/STUtilitywebₛite/.