Normalização para dados de microarranjos de cDNA: um método composto robusto que aborda variações sistemáticas em lâminas únicas e múltiplas

Existem muitas fontes de variação sistemática em experimentos de microarranjos de cDNA que afetam os níveis de expressão gênica medidos (por exemplo, diferenças na eficiência de marcação entre os dois corantes fluorescentes). O termo normalização refere-se ao processo de remoção dessa variação. Um ajuste constante é frequentemente utilizado para forçar a distribuição dos logaritmos das razões de intensidade a ter uma mediana zero para cada lâmina. Entretanto, tais abordagens globais de normalização não são adequadas em situações onde os vieses dos corantes podem depender da intensidade geral do ponto e/ou da localização espacial dentro do arranjo. Este artigo propõe métodos de normalização baseados em regressão local robusta e que levam em conta a dependência da intensidade e espacial nos vieses dos corantes para diferentes tipos de experimentos com microarranjos de cDNA. A seleção de controles apropriados para a normalização é discutida e um novo conjunto de controles (pool de amostras de microarranjo, MSP) é introduzido para auxiliar na normalização dependente da intensidade. Por fim, para permitir comparações dos níveis de expressão entre lâminas, é proposto um método robusto baseado em estimação de máxima verossimilhança para ajustar diferenças de escala entre as lâminas.