Uma estrutura estatística para quantificação de proteínas na proteômica baseada em espectrometria de massa bottom-up

MOTIVAÇÃO: A proteômica quantitativa baseada em espectrometria de massa requer estimativas ao nível da proteína e medidas de confiança associadas. Os desafios incluem a presença de peptídeos de baixa qualidade ou incorretamente identificados e ausência informativa de dados. Além disso, são necessários modelos para agregar as informações ao nível do peptídeo até o nível da proteína. RESULTADOS: Apresentamos um modelo estatístico que considera cuidadosamente a ausência informativa nas intensidades de pico e permite uma estimativa e inferência ao nível da proteína sem viés, baseada em modelo. O modelo é aplicável a experimentos de quantificação tanto com rótulo quanto sem rótulo. Também fornecemos algoritmos automatizados baseados em modelo para filtragem de proteínas e peptídeos, bem como para imputação de valores ausentes. Dois conjuntos de dados LC/MS são usados para ilustrar os métodos. Em estudos de simulação, nossos métodos demonstraram alcançar substancialmente mais descobertas do que alternativas padrão. DISPONIBILIDADE: O software foi disponibilizado na plataforma de proteômica open-source DAnTE (http://omics.pnl.gov/software/).