空间多组学揭示胰腺癌免疫治疗病理反应者肿瘤内与三级淋巴组织相关的体液免疫小环境

胰腺腺癌（PDAC）是一种进展迅速且对免疫治疗响应较差的癌症。肿瘤内三级淋巴结构（TLS）已与少数长期生存的PDAC患者相关，但TLS在PDAC中的作用及其在更广泛肿瘤微环境中的空间关系仍不清楚。我们构建了一个包含26例接受联合免疫治疗的PDAC肿瘤的空间多组学图谱。通过机器学习辅助的H&E图像分类模型和空间转录组学的无监督基因表达矩阵分解方法，我们鉴定了跨越不同形态和免疫治疗的TLS小环境内细胞状态。无监督学习生成了一种特异于TLS的空间基因表达特征，该特征与PDAC患者的生存显著相关。这些分析显示病理反应者中TLS相关的肿瘤内B细胞成熟，空间蛋白组学和BCR谱系分析证实了这一点。我们的研究还识别了病理免疫反应的空间特征，揭示了TLS成熟与IgG/IgA分布及细胞外基质重塑的共定位。