摘要 6604：空间转录组学描绘新辅助化疗三阴性乳腺癌的肿瘤异质性

摘要 背景：三阴性乳腺癌（TNBC）是一种高度侵袭性的乳腺癌亚型，只有约40%的TNBC患者在新辅助化疗（NACT）后达到病理完全缓解（pCR）。鉴于TNBC的分子异质性可能导致对NACT反应的差异，本研究旨在解析TNBC的组织学和空间转录组学（ST）模式。方法：共收集了90份来自英国伦敦盖伊医院NACT治疗的TNBC患者的预治疗活检标本，包含档案样本及进行中的FORCE临床试验（NCT03238144）。其中，38例患者达到pCR（响应者），46例存在残留疾病（非响应者），6例正在接受NACT治疗；此外，收集了46份非响应者的术后切除标本。每个样本进行了H&E染色和ST分析，共分析了3917个肿瘤或免疫细胞富集区。初步分析显示，与响应者相比，非响应者肿瘤区的KEGG途径中组织黏附相关通路上调，而基因组完整性相关通路下调。对非响应者的PanCK+CD45-区域进行无监督聚类识别出既存在于NACT前后样本中的肿瘤簇，提示潜在的化疗抵抗特性。此外，对PanCK-/CD45+区域的免疫细胞进行解卷积，揭示了与我们ROI分类器标记的组织学注释对应的空间免疫细胞组成差异。结论：（S）大规模TNBC ST分析显示了与治疗反应相关的新模式。我们设计了新的ROI分类器来空间解析组织学特征的转录组，深入刻画了TNBC的组织基因组学特征。