走向一个自然的生物系统：关于古菌界、细菌界和真核界的提议。

分子结构和序列通常比传统的表型更能揭示进化关系（尤其是在微生物中）。因此，分类单位的定义基础逐渐从有机体层面转移到细胞层面，再到分子层面。分子比较显示，地球上的生命可分为三大主要群体，通常称为真细菌（eubacteria）、古菌（archaebacteria）和真核生物（eukaryotes）。这三者非常不同，它们之间的差异比典型界之间的差异（如动物界和植物界）更为深刻。不幸的是，传统接受的关于生命系统之间自然关系的观点——即五界分类法或真核-原核二分法——都未反映出生物界这一基本的三分法。为解决这一问题，我们提出建立一个正式的生物系统，其中在界之上设立一个新的分类单元称为“域（domain）”。地球上的生命因此被视为包含三个域，分别是细菌域、古菌域和真核域，每个域包含两个或更多的界。（例如，真核域包含动物界、植物界、真菌界及若干尚未定义的其他界。）虽然本文未涉及细菌域和真核域的分类结构，但正式将古菌域细分为两个界：厚古菌界Euryarchaeota（包括产甲烷菌及其表型多样的近亲）和热古菌界Crenarchaeota（包括聚类紧密的极端嗜热古菌，其总体表型最类似于古菌的祖先表型）。