利用自组织映射解读基因表达模式：方法及其在造血分化中的应用

芯片技术使同时监测数千个基因的表达模式变得简单。现在的挑战是如何解读如此庞大的数据集。第一步是提取数据中固有的基因表达基本模式。本文介绍了自组织映射的应用，这是一种数学集群分析方法，特别适合识别和分类复杂多维数据中的特征。该方法已实现于公开计算软件包GENECLUSTER中，该软件执行分析计算并提供便捷的数据可视化。为展示此分析的价值，该方法应用于四个广泛研究的造血分化模型（HL-60、U937、Jurkat和NB4细胞）。检测了约6000个人类基因的表达模式，并建立了一个在线数据库。GENECLUSTER用于将基因组织成生物学相关的簇，提出了关于造血分化的新假说——例如，强调了某些基因和通路在急性早幼粒细胞白血病“分化疗法”治疗中的作用。