cDNA微阵列数据的归一化：一种应对单个和多个载玻片系统性变异的稳健复合方法

cDNA微阵列实验中存在许多系统性变异的来源，这些变异影响测得的基因表达水平（例如，两种荧光染料之间标记效率的差异）。归一化一词指的是去除这些变异的过程。通常使用一个固定调整，使强度对数比的分布在每个载玻片上具有中位数为零。然而，当染料偏差依赖于斑点的整体强度和/或阵列内的空间位置时，这种全局归一化方法是不充分的。本文提出了基于稳健局部回归的归一化方法，考虑了染料偏差在不同类型cDNA微阵列实验中的强度和空间依赖性。讨论了归一化中合适的对照选择，介绍了一种新的对照集（微阵列样品池，MSP），以辅助强度依赖归一化。最后，提出了一种基于最大似然估计的稳健方法，调整载玻片间的尺度差异，以便进行跨载玻片的表达水平比较。