2020年ProteomeXchange联盟：推动蛋白质组学中的“大数据”方法

ProteomeXchange (PX) 蛋白质组资源联盟（http://www.proteomexchange.org）自2012年以来已标准化了质谱蛋白质组数据的提交和传播。本文介绍了自2017年《Nucleic Acids Research》发表上次更新稿以来的主要进展。自那时起，除了当时的四个PX成员（PRIDE、包含PASSEL资源的PeptideAtlas、MassIVE和jPOST）外，又有两个资源加入PX：iProX（中国）和Panorama Public（美国）。我们首先介绍了更新的提交指南，目前已扩展至六个成员。接着，通过当前的数据提交统计，展示了蛋白质组学领域正在积极采纳公开数据政策。截至2019年6月底，自2012年以来，PX资源已提交超过14100个数据集，其中仅最近三年就超过9500个。与此同时，蛋白质组学领域数据重复利用活动空前增加，包括“大数据”方法，推动了新研究和新数据资源的出现。最后，我们还概述了未来几年的一些计划。