تحليل بيانات التعبير الجيني من حيث مجموعات الجينات: قضايا منهجية

نحدد بعض الافتراضات الحاسمة التي تحتاجها غالبية الطرق. القيم الاحتمالية المستمدة من الطرق التي تستخدم نموذجاً يأخذ الجينات كوحدة أخذ عينات يسهل تفسيرها بشكل خاطئ، لأنها تستند إلى نموذج إحصائي لا يشبه التجربة البيولوجية التي أُجريت فعلياً. علاوة على ذلك، وبما أن هذه النماذج تعتمد على افتراض استقلال جوهري وغير واقعي بين الجينات، فإن القيم الاحتمالية المستمدة من مثل هذه الطرق يمكن أن تكون متحررة جدا من المحافظة، كما تظهر تجربة المحاكاة. كما نؤكد أن الطرق التي تختبر بشكل تنافسي كل مجموعة جينات مقابل بقية الجينات تخلق فجوة غير ضرورية بين اختبار الجين الواحد واختبار مجموعة الجينات.