Analisando dados de expressão gênica em termos de conjuntos de genes: questões metodológicas

Identificamos algumas suposições cruciais necessárias para a maioria dos métodos. Valores de P derivados de métodos que utilizam um modelo que considera os genes como unidade de amostragem são facilmente interpretados de forma incorreta, pois baseiam-se em um modelo estatístico que não reflete o experimento biológico realmente realizado. Além disso, como esses modelos se fundamentam em uma suposição crucial e irrealista de independência entre os genes, os valores de P derivados de tais métodos podem ser extremamente anti-conservadores, como demonstra um experimento de simulação. Também argumentamos que métodos que testam competitivamente cada conjunto de genes em relação ao restante dos genes criam uma divisão desnecessária entre o teste de genes isolados e o teste de conjuntos de genes.