PLATE-Seq zur genomweiten Analyse regulatorischer Netzwerke von Hochdurchsatz-Screens

Pharmakologische und funktionelle genomische Screens spielen eine wesentliche Rolle bei der Entdeckung und Charakterisierung therapeutischer Zielstrukturen und zugehöriger pharmakologischer Inhibitoren. Obwohl diese Screens Tausende von Genprodukten beeinflussen, basiert die typische Auswertung auf geringer Komplexität anstelle von genomweiten Assays. Um diese Einschränkung zu überwinden, stellen wir PLATE-Seq (pooled library amplification for transcriptome expression) vor, eine kostengünstige, genomweite mRNA-Profilierungsmethode, die speziell entwickelt wurde, um Hochdurchsatz-Screening-Assays zu ergänzen. Die Einführung von probenspezifischen Barcodes während der reversen Transkription unterstützt die Erstellung gepoolter Bibliotheken und Sequenzierungen mit geringer Tiefe, die um den Faktor 10 bis 20 günstiger sind als konventionelles RNA-Seq. Die Verwendung netzwerkbasierter Algorithmen zur Ableitung der Proteinaktivität aus PLATE-Seq-Daten führt zu einer vergleichbaren Reproduzierbarkeit wie bei der Sequenzierung mit 30 Mio. Reads. Tatsächlich steht die Reproduzierbarkeit von PLATE-Seq in günstigerem Vergleich zu anderen groß angelegten profilen Studien von Störungen, wie der connectivity map und der library of integrated network-based cellular signatures. Trotz der Bedeutung pharmakologischer und funktioneller genomischer Screens sind die Auswertungen von geringer Komplexität. Hier stellen die Autoren PLATE-Seq vor, eine kostengünstige genomweite mRNA-Profilierungsmethode zur Ergänzung von Hochdurchsatz-Screens.