PLATE-Seq para análise de redes regulatórias em todo o genoma de triagens de alto rendimento

Triagens farmacológicas e de genômica funcional desempenham um papel essencial na descoberta e caracterização de alvos terapêuticos e inibidores farmacológicos associados. Embora essas triagens afetem milhares de produtos gênicos, a leitura típica baseia-se em baixa complexidade ao invés de ensaios em todo o genoma. Para superar essa limitação, introduzimos a amplificação de biblioteca agrupada para expressão do transcriptoma (PLATE-Seq), uma metodologia de perfilagem de mRNA em todo o genoma e de baixo custo, especificamente desenhada para complementar ensaios de triagem de alto rendimento. A introdução de códigos de barras específicos da amostra durante a transcrição reversa suporta a construção de biblioteca agrupada e sequenciamento de baixa profundidade, que é de 10 a 20 vezes menos dispendioso que o RNA-Seq convencional. O uso de algoritmos baseados em redes para inferir a atividade proteica a partir dos dados do PLATE-Seq resulta em reprodutibilidade comparável ao sequenciamento com 30 milhões de leituras. De fato, a reprodutibilidade do PLATE-Seq compara-se favoravelmente com outros estudos de perfilamento perturbacional em grande escala, como o connectivity map e a library of integrated network-based cellular signatures. Apesar da importância das triagens farmacológicas e de genômica funcional, as leituras são de baixa complexidade. Aqui, os autores apresentam o PLATE-Seq, um método de perfilagem de mRNA em todo o genoma e de baixo custo para complementar a triagem de alto rendimento.