Utilidad de la modalidad de imagen celular en el perfil espacial subcelular transcriptómico de tejidos tumorales

RESUMEN Las tecnologías de transcriptómica espacial (ST), como GeoMx Digital Spatial Profiler, se utilizan cada vez más para revelar el papel de diversos componentes del microambiente tumoral, particularmente en relación con la progresión del cáncer, la respuesta al tratamiento y la resistencia terapéutica. Sin embargo, en muchos estudios de ST, la información espacial obtenida mediante imagen por inmunofluorescencia se usa principalmente para identificar regiones de interés, más que como parte integral de la interpretación posterior de los datos transcriptómicos. Desarrollamos ROICellTrack, un marco basado en aprendizaje profundo, para integrar mejor la imagen celular con el perfil transcriptómico espacial. Al examinar 56 ROI de carcinoma urotelial de vejiga (UCB) y carcinoma urotelial de tracto superior (UTUC), ROICellTrack identificó con precisión mezclas cáncer-inmunes y características morfológicas celulares asociadas. Este enfoque también reveló diferentes conjuntos de patrones de agrupamiento espacial e interacciones receptor-ligando. Nuestros hallazgos subrayan la importancia de combinar imagenología y transcriptómica para un análisis espacial integral de ómicas, ofreciendo posibles nuevas perspectivas sobre la heterogeneidad dentro de la muestra e implicaciones para terapias dirigidas y medicina personalizada.