Investigación de fenotipos de células T asociados con la respuesta o resistencia a inhibidores de puntos de control inmunitarios (ICI) mediante análisis unicelular de carcinoma de células renales (RCC).

4515 Antecedentes: El RCC es notable por una alta infiltración de células T CD8+ a pesar de su modesta carga mutacional tumoral. Sin embargo, la infiltración de células T CD8+ no se correlaciona con la respuesta a ICI, lo que destaca la necesidad de entender la composición celular y el fenotipo. Realizamos una disección exhaustiva del microambiente tumoral (TME) usando muestras pre y post tratamiento con ICI para identificar poblaciones específicas de células T asociadas con la eficacia del tratamiento con ICI en RCC. Métodos: Se recolectaron un total de 70 muestras tumorales (n = 59 de células claras; n = 11 no células claras) de 63 pacientes con RCC antes (n = 48) y/o después (n = 22) de terapias sistémicas (VEGFi, n = 9; mono-ICI, n = 20; ICI + ICI, n = 17; ICI + VEGFi, n = 9; otros, n = 15). Esta cohorte contenía 12 muestras emparejadas pre y post de 5 pacientes y 58 muestras no emparejadas. Se definieron respondedores (R) como respuestas completas y parciales (n = 22) y no respondedores (NR) como progresión de la enfermedad (n = 33) según la mejor respuesta basada en RECIST. Realizamos secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) en todas las muestras y establecimos un atlas transcriptómico en RCC. Utilizamos firmas genéticas establecidas para interrogar la composición celular y estados funcionales en muestras de pacientes tratados con ICI. Usamos factorización matricial no negativa (NMF) para identificar programas génicos, ofreciendo mejor preservación de características e interpretabilidad. Resultados: Se anotaron 443,337 células viables de alta calidad a compartimentos linfoides, mieloides, tumorales, endoteliales o fibroblastos, capturando el paisaje del TME en RCC. Entre las células T CD8+, observamos heterogeneidad significativa, particularmente en células T agotadas (Tex) que expresan PD-1 y TIM-3. Tex en NR mostraron enriquecimiento para genes de residencia tisular y genes y programas de tipo innato, ejemplificado por una regulación significativa al alza de ZNF683 (p = 0.031) e ITGAE (p = 0.0041). En contraste, Tex en R exhibieron una marcada sobreexpresión de genes de proteínas de choque térmico, como HSP1B (p < 2.22E-16) y DNAJB1 (p < 2.22E-16), destacando un perfil genómico distinto. Notablemente, mediante análisis NMF, Tex en R mostró un programa de respuesta al estrés y un programa de agotamiento terminal significativamente más altos que en NR en línea base y tras tratamiento con ICI. El análisis adicional mediante puntuación de firmas génicas mostró asociación entre Tex en R y actividades mejoradas de IFN y quimioquinas, respuesta al estrés y diferenciación terminal post-ICI. Conclusiones: Nuestro análisis transcriptómico unicelular reveló la relación entre Tex con respuestas activas al estrés y eficacia de ICI, sugiriendo además la revitalización de células T con exposición a ICI. Este estudio identifica características específicas de Tex asociadas con la sensibilidad a ICI, destacando la scRNA-seq como estrategia científica para análisis correlativos profundos en grandes cohortes de pacientes y enfatizando la necesidad de una investigación adicional en las complejidades únicas del TME del RCC.