Multi-ómica espacial tridimensional de tumores gástricos revela características ocultas

Puntos clave

• El objetivo es explorar las limitaciones de los análisis 2D para capturar la estructura compleja de los tumores gástricos utilizando multi-ómica espacial 3D.
• Se utilizó la plataforma G4X para lecturas in situ de ARN y proteínas.
• Se perfilaron secciones seriadas FFPE para cuantificar ARN y proteínas específicas.
• Se registraron las secciones en un marco 3D común para reconstruir un atlas volumétrico.
• Se adquirió holotomografía 3D sin marcadores para visualización estructural.
• Se aplicó segmentación celular única basada en IA para un mapeo detallado de tipos celulares.
• Se identificó una fuerte variabilidad en las composiciones celulares en cortes 2D.
• Se reveló un dominio coherente de células T agotadas solo en análisis 3D.
• Se confirmó la continuidad entre células T, matriz extracelular y células tumorales usando holotomografía.
• Se destacó el potencial de que nichos inmunes clínicamente relevantes se pasen por alto en análisis de una sola sección.
• Se demostró un flujo de trabajo práctico para el perfilado volumétrico tumor-inmune.

Resumen