ChEA3: análisis de enriquecimiento de factores de transcripción mediante integración ortogonal de ómicas

Identificar los factores de transcripción (TF) responsables de los cambios observados en la expresión génica es un paso importante para comprender las redes reguladoras de genes. ChIP-X Enrichment Analysis 3 (ChEA3) es una herramienta de análisis de enriquecimiento de factores de transcripción que ordena los TF asociados con conjuntos de genes proporcionados por el usuario. La base de datos de fondo de ChEA3 contiene una colección de bibliotecas de conjuntos de genes generadas a partir de múltiples fuentes, incluyendo coexpresión TF-gen a partir de estudios de RNA-seq, asociaciones TF-objetivo obtenidas de experimentos ChIP-seq y co-ocurrencia TF-gen calculada a partir de listas de genes enviadas por usuarios. Los resultados de enriquecimiento provenientes de estas fuentes distintas se integran para generar un ranking compuesto que mejora la predicción del TF correcto aguas arriba en comparación con los rankings producidos por bibliotecas individuales. Comparamos ChEA3 con herramientas existentes de predicción de TF y mostramos que ChEA3 presenta un mejor desempeño. Al integrar las bibliotecas de ChEA3, iluminamos propiedades generales de los factores de transcripción, tales como si el TF se comporta como un activador o un represor. El servidor web de ChEA3 está disponible en https://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3.