BioMart y Bioconductor: un enlace poderoso entre bases de datos biológicas y el análisis de datos de microarrays

biomaRt es un nuevo paquete de Bioconductor que integra los recursos de datos de BioMart con software de análisis de datos en Bioconductor. Puede anotar una amplia gama de identificadores de genes o productos génicos (por ejemplo, identificadores Entrez-Gene y sondas Affymetrix) con información como símbolo génico, coordenadas cromosómicas, ontología génica y anotaciones OMIM. Además, biomaRt permite la recuperación de secuencias genómicas e información sobre polimorfismos de nucleótido único, que pueden usarse en el análisis de datos. La recuperación rápida y actualizada de datos es posible ya que el paquete ejecuta consultas SQL directas a las bases de datos de BioMart (por ejemplo, Ensembl). El paquete biomaRt proporciona una integración estrecha de grandes bases de datos BioMart públicas o instaladas localmente con el análisis de datos en Bioconductor, creando un entorno poderoso para la minería de datos biológicos.