Predicción del efecto funcional de mutaciones humanas de sentido erróneo usando PolyPhen‐2

PolyPhen-2 (Polymorphism Phenotyping v2), disponible como software y a través de un servidor web, predice el posible impacto de las sustituciones de aminoácidos en la estabilidad y función de las proteínas humanas utilizando consideraciones estructurales y evolutivas comparativas. Realiza anotaciones funcionales de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), mapea SNPs codificantes a transcripciones génicas, extrae anotaciones de secuencias proteicas y atributos estructurales, y construye perfiles de conservación. Luego estima la probabilidad de que la mutación de sentido erróneo sea dañina basándose en una combinación de todas estas propiedades. Las características de PolyPhen-2 incluyen una tubería de alineamiento múltiple de secuencias proteicas de alta calidad y un método de predicción que emplea clasificación mediante aprendizaje automático. El software también integra las anotaciones del genoma humano del UCSC Genome Browser y los alineamientos múltiples MultiZ de genomas de vertebrados con el genoma humano. PolyPhen-2 es capaz de analizar grandes volúmenes de datos producidos por proyectos de secuenciación de próxima generación, gracias al soporte incorporado para entornos de computación de alto rendimiento como Grid Engine y Platform LSF.