De la genómica a la genómica química: nuevos desarrollos en KEGG

La creciente cantidad de información genómica y molecular es la base para comprender sistemas biológicos de orden superior, como la célula y el organismo, y sus interacciones con el ambiente, así como para aplicaciones médicas, industriales y otras aplicaciones prácticas. El recurso KEGG (http://www.genome.jp/kegg/) proporciona una base de conocimiento de referencia para vincular genomas con sistemas biológicos, categorizados como bloques de construcción en el espacio genómico (KEGG GENES) y el espacio químico (KEGG LIGAND), y diagramas de cableado de redes de interacción y redes de reacción (KEGG PATHWAY). Un cuarto componente, KEGG BRITE, se ha añadido formalmente a la suite de bases de datos KEGG. Esto refleja nuestro intento de computarizar interpretaciones funcionales como parte del proceso de reconstrucción de vías basado en el conocimiento estructurado jerárquicamente sobre los espacios genómico, químico y de redes. De acuerdo con las nuevas iniciativas de genómica química, el alcance de KEGG LIGAND se ha ampliado significativamente para cubrir tanto moléculas endógenas como exógenas. Específicamente, RPAIR contiene patrones de transformación de estructuras químicas curados extraídos de reacciones enzimáticas conocidas, lo que permitiría el análisis de interacciones genoma-ambiente, como la predicción de nuevas reacciones y nuevos genes enzimáticos que degradarían nuevos compuestos ambientales. Además, la información sobre fármacos ahora se almacena por separado y está vinculada a nuevos mapas estructurales de KEGG DRUG.