Secuencias Genómicas Humanas que Inhiben el Empalme

Los genes de mamíferos se caracterizan por exones relativamente pequeños rodeados de longitudes variables de secuencia intrónica. Secuencias similares a las señales de empalme que definen los límites 5' y 3' de estos exones también están presentes en abundancia a lo largo de los intrones circundantes. Lo que causa que los sitios reales se distingan de la multitud de seudo sitios en el pre-ARNm no está claro. Se ha avanzado mucho en la definición de elementos de secuencia adicionales que mejoran el uso de sitios particulares. Se ha hecho menos trabajo en secuencias que reprimen el uso de sitios de empalme particulares. Para encontrar ejemplos adicionales de secuencias que inhiben el empalme, buscamos en bibliotecas de ADN genómico humano secuencias que inhibieran la inclusión de un exon empalmado de forma constitutiva. Experimentaciones de selección genética sugirieron que tales secuencias eran comunes, y posteriormente probamos fragmentos de restricción elegidos al azar de aproximadamente 100 pb. Cuando se insertaron en el exon central de un minigen que contiene tres exones, aproximadamente uno de cada tres inhibió la inclusión, revelando una alta frecuencia de elementos inhibitorios en el ADN humano. En contraste, solo 1 de 27 fragmentos de ADN de Escherichia coli fue inhibitorio. Varios elementos de silenciamiento identificados previamente derivados de exones empalmados alternativamente funcionaron débilmente en este exon empalmado de forma constitutiva. En cambio, un sitio de alta afinidad para U2AF65 inhibió fuertemente la inclusión del exon. Juntos, nuestros resultados sugieren que el empalme ocurre en un contexto de represión y, dado que muchos de nuestros inhibidores contienen señales similares al empalme, sugerimos que la represión de algunos seudo sitios puede ocurrir a través de una disposición inhibitoria de estos sitios.