Algoritmos de extracción de características y normalización para datos de matrices de expresión génica de oligonucleótidos de alta densidad

Los algoritmos para realizar la extracción de características y la normalización en matrices de expresión génica de oligonucleótidos de alta densidad no han sido completamente explorados, y el impacto que estos algoritmos tienen en el análisis posterior no se comprende bien. Los avances en estos métodos de análisis de bajo nivel son esenciales para aumentar la sensibilidad y especificidad en la detección de si los genes están presentes y/o se expresan diferencialmente. Hemos desarrollado e implementado varios algoritmos para el análisis de datos de matrices de expresión en una aplicación de software, el DNA-Chip Analyzer (dChip). En este informe, describimos los algoritmos para la extracción de características y normalización, y presentamos datos de validación y resultados de comparación con algunos de los algoritmos actualmente en uso.