RegulonDB (versión 6.0): modelo de regulación génica de Escherichia coli K-12 más allá de la transcripción, promotores activos (experimentales) anotados y navegación con Textpresso

RegulonDB (http://regulondb.ccg.unam.mx/) es la base de datos de referencia principal que ofrece conocimiento curado de la red reguladora transcripcional de Escherichia coli K12, actualmente la base de datos electrónica mejor conocida del funcionamiento de la red reguladora genética de cualquier organismo libre. Este artículo resume las mejoras, nueva biología y nuevas características disponibles en la versión 6.0. La curación de la literatura original está, de ahora en adelante, actualizada para cada nueva versión. Todos los objetos están respaldados por sus evidencias correspondientes, ahora clasificadas como fuertes o débiles. Los factores de transcripción se clasifican según el origen de sus efectoras y por clase de ontología génica. Ahora contamos con predicciones computacionales para sigma(54) y cinco tipos diferentes de promotores de la familia sigma(70), así como sus correspondientes cajas -10 y -35. Además de los curados a partir de la literatura, añadimos aproximadamente 300 promotores mapeados experimentalmente provenientes de nuestros propios esfuerzos de mapeo de alta capacidad. RegulonDB v.6.0 ahora se expande más allá del inicio de la transcripción, incluyendo elementos regulatorios de ARN, específicamente riboswitches, atenuadores y pequeños ARN, con sus objetivos asociados conocidos. Los datos pueden ser accedidos a través de vistas generales de correlaciones acerca de la regulación génica. La literatura original asociada a RegulonDB, junto con más de 4000 anotaciones de curación, ahora puede ser buscada con el motor de minería de texto Textpresso.