सारांश PR008: इम्यून चेकपॉइंट इनहिबिशन (ICI) के प्रतिरोधी गुर्दे के ऊतकीय कार्सिनोमा (RCC) में ट्यूमर-प्रविष्ट CD8+ टी कोशिकाओं की सिंगल सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक जांच

सारांश उन्नत RCC के लिए सबसे सफल उपचार ICI आधारित सम्मिश्रण थेरेपी हैं। हालांकि, उन्नत RCC के अधिकांश मरीजों में ICI उपचार के बावजूद रोग प्रगति होती है, जो यह सुझाव देता है कि ICI थेरेपी के प्रति प्रतिक्रिया या प्रतिरोध करने वाले मरीजों में प्रतिरक्षात्मक भिन्नताओं का विश्लेषण आवश्यक है। CD8+ T कोशिकाएं अत्यधिक फेनोटाइपिक विविधता प्रदर्शित करती हैं और प्रतिरक्षा प्रणाली में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती हैं, लेकिन RCC ट्यूमर माइक्रोइन्फ़्लुएंमेंट (TME) में विभिन्न CD8+ T कोशिका फेनोटाइप को क्या प्रेरित करता है और व्यक्तिगत फेनोटाइप ICI प्रतिक्रिया या प्रतिरोध को कैसे प्रभावित करते हैं, यह स्पष्ट नहीं है। 63 RCC मरीजों से 70 ट्यूमर नमूने उपचार से पहले (n=48) या उपचार के बाद (n=22) एकत्रित किए गए (VEGFi, n=9; ICI मोनोथेरेपी, n=20; ICI मिश्रण, n=26; अन्य, n=15)। 11 नमूने बिना ट्यूमर वाले मरीजों से लिए गए। RCC वेरिएंट में 59 क्लियर सेल और 11 नॉन-क्लियर सेल नमूने शामिल थे। 18 को क्लिनिकल लाभ और 11 को बिना क्लिनिकल लाभ के रूप में चिह्नित किया गया। सिंगल-सेल RNA अनुक्रमण (10x Genomics) इन नमूनों पर किया गया ताकि RCC TME का ट्रांसक्रिप्टोम तैयार किया जा सके। ग्राफ-आधारित क्लस्टरिंग ने सेल प्रकार की आबादी की पहचान की, जिन्हें ज्ञात वंशानुगत जीनों के साथ अंकित किया गया। गैर-ऋणात्मक मैट्रिक्स फैक्टराइजेशन (NMF) ने थके हुए CD8+ T कोशिकाओं (Tex) के भीतर जीन प्रोग्राम की पहचान की। NicheNet ने मैक्रोफेज़ और Tex कोशिकाओं के बीच लिगैंड-टारगेट इंटरैक्शन की भविष्यवाणी की। CD8+ T कोशिकाओं के भीतर Tex कोशिकाओं की पहचान TOX, PDCD1 (PD-1), और HAVCR2 (TIM-3) की अभिव्यक्ति के माध्यम से की गई। NMF ने Tex कोशिकाओं में चार प्रोग्राम बनाए, जो तत्काल प्रारंभिक जीन, थकान/सक्रियण, ऊतक आवास और तनाव प्रतिक्रिया के मार्करों को व्यक्त करते हैं। ऊतक आवास प्रोग्राम ICI चिकित्सा के प्रतिरोध से जुड़ा था (p=0.05); तनाव प्रोग्राम ICI प्रतिक्रिया में बढ़ा था (p=0.002)। NicheNet ने ऐसे लिगैंड के रूप में TGFb (TGFB1) की पहचान की, जिसे गैर-प्रतिक्रियाशील ट्यूमरों में मैक्रोफेज़ द्वारा उत्पादित किया जाता है, और जिसने Tex कोशिकाओं में ऊतक आवास को उत्पन्न किया। इसने CD69 और IL7R को महत्वपूर्ण डाउनस्ट्रीम जीन के रूप में पहचाना, जो विभेदक जीन अभिव्यक्ति के माध्यम से NCB से जुड़े थे (p=0.001)। TGFb रिसेप्टर (TGFBR2) की अभिव्यक्ति Tex कोशिकाओं में गैर-प्रतिक्रियाशील ट्यूमरों से अधिक थी (p=0.01)। स्वस्थ दाता के परिधीय रक्त मोनोक्लोनल कोशिकाओं से नाइव CD8 T कोशिकाओं को हाइपोक्सिया (1% O2) या नॉर्मोक्सिया के तहत उत्तेजना के साथ संस्कृत किया गया, और TGFb के साथ/बिना। CD69/CD103 पॉजिटिव ऊतक-आवास-जैसी T कोशिकाएं TGFb के साथ हाइपोक्सिया में अधिक थीं (p=0.02)। हाइपोक्सिक स्थितियों में (जो RCC TME का अनुकरण करती हैं), TGFb ने CD8+ T कोशिकाओं पर अधिक PD-1 अभिव्यक्ति को प्रेरित किया (p=0.012)। scRNA-seq विश्लेषण से हमने ICI-प्रतिरोध सर्किट की पहचान की जिसमें ट्यूमर-संबंधित मैक्रोफेज़ TGF-बीटा का उत्पादन करते हैं, जो Tex कोशिकाओं में ऊतक आवास जीन प्रोग्राम को प्रेरित करता है जो इम्यूनोथेरेपी की गैर-प्रतिक्रिया से जुड़ा है। प्रायोगिक सत्यापन अध्ययन दिखाते हैं कि TGFb और हाइपोक्सिया CD8+ T कोशिकाओं पर ऊतक आवास और PD-1 अभिव्यक्ति के लिए पर्याप्त हैं। यह अध्ययन scRNA-seq का उपयोग करके RCC में ICI प्रतिरोध के तंत्रों की पहचान के लिए एक रूपरेखा प्रदान करता है और TGFb अक्ष को CD8 T कोशिका-प्रेरित एंटी-ट्यूमर प्रतिरक्षा को बेहतर बनाने के लिए लक्षित मार्ग के रूप में नामित करता है।