유전자 집합 관점에서 본 유전자 발현 데이터 분석: 방법론적 문제

대부분의 방법에서 필요한 몇 가지 중요한 가정을 식별합니다. 유전자를 표본 단위로 사용하는 모델에서 도출된 P-값은 실제 수행된 생물학적 실험과 유사하지 않은 통계 모델에 기반하고 있기 때문에 쉽게 오해될 수 있습니다. 게다가, 이러한 모델들은 유전자 간의 중요한 비현실적인 독립성 가정에 기반하고 있어, 시뮬레이션 실험이 보여주듯이 해당 방법들에서 도출된 P-값은 매우 보수적이지 않을 수 있습니다. 또한, 각 유전자 집합을 나머지 유전자들과 경쟁적으로 검정하는 방법들이 단일 유전자 검정과 유전자 집합 검정 사이에 불필요한 분열을 만든다고 주장합니다.