Bin2cell은 고해상도 Visium HD 데이터를 이용해 세포를 재구성합니다

초록 요약 10X Genomics의 Visium HD는 보존된 FFPE 블록에서 참조 형태 이미지와 결합된 전체 규모의 전사체 데이터를 아원자 해상도로 캡처할 수 있는 최초의 상업적 플랫폼입니다. 그러나 캡처 영역을 단일 세포로 집계하는 데에는 어려움이 있습니다. Bin2cell은 형태 이미지 분할과 유전자 발현 정보를 활용하여 가장 높은 해상도 데이터(2 μm 빈)로부터 세포를 재구성합니다. 이는 확립된 Python 단일 세포 및 공간 전사체 소프트웨어와 호환되며, GPU 없이도 몇 분 만에 효율적으로 작동합니다. 우리는 마우스 뇌 및 인간 대장암 데이터에서 기본 8 μm 빈 대신 재구성된 세포를 사용할 때 하위 분석의 향상을 입증했습니다. 이용 가능성과 구현 Bin2cell은 https://github.com/Teichlab/bin2cell에서 문서 및 사용 예시와 함께 제공되며, pip를 통해 설치할 수 있습니다. 프로브 설계 기능은 https://github.com/Teichlab/gene2probe에서 사용할 수 있습니다. 부가 정보 부가 데이터는 온라인에서 확인할 수 있습니다.