임상 대장암 조직을 위한 합의 분자 아형 분류 전략

대장암(CRC) 조직의 합의 분자 아형(CMS) 분류는 포름알데히드 고정 파라핀 포매(FFPE) 보존 과정에서 RNA 분해로 인해 복잡합니다. 본 연구에서는 FFPE에 최적화된 CMS 분류기를 제시합니다. CMSFFPE 분류기는 FFPE 유래 RNA에서 전사체 무결성이 높은 유전자를 사용하여 개발되었습니다. 신선 냉동(FF) RNA 데이터가 일치하는 두 개의 FFPE-RNA 데이터셋과 FF 유래 RNA 세트에서 분류 정확도를 평가했습니다. 항-EGFR 요법을 일부 받은 전이성 CRC 환자의 FFPE-RNA 적용 코호트를 구축하여 각 CMS별 주요 특징을 평가했습니다. 일치하는 벤치마크 FF CMS 호출과 교차 참조한 결과, CMSFFPE 분류기는 원래 CMS분류기 대비 두 개의 FFPE 데이터셋에서 분류 정확도를 크게 향상시켰습니다(각각 63.6% 대 40.9% 및 83.3% 대 66.7%). 우리는 CMS 특이적 재발 없는 생존 패턴(CMS4 대 CMS2: 위험비 1.75, 95% 신뢰구간 1.24–2.46)을 회복했습니다. CMS의 주요 분자 및 임상적 연관성을 확인했습니다. 특히 CMS2 및 CMS3가 항-EGFR 요법 반응 예측에 유의미함을 보였습니다(CMS2&3: 오즈비 5.48, 95% 신뢰구간 1.10–27.27). CMSFFPE 분류기는 임상 CRC 샘플의 CMS 분류를 위한 최적화된 FFPE 맞춤형 연구 도구입니다.