Figura 1 do Registro Multimodal de Longo Prazo Revela Rotas de Adaptação Epigenética em Células de Câncer de Mama Dormentes

Perfil genético do despertar tumoral no contexto clínico. A, Perfil de alta profundidade (mediana 105.47×) dos recidivas tardias de câncer de mama ER+ (câncer de mama positivo para receptor de estrogênio) utilizando um painel direcionado personalizado. O esquema simplificado de tratamento dos pacientes é mostrado à esquerda. O mapa de calor mostra as mutações em genes motores de resistência à terapia endócrina (ET) em câncer de mama ER+ que passaram pelos filtros de profundidade alélica ≥20, Alternate F1R2 + F2R1 ≥4, frequência alélica ≥0,1, e nível de consequência moderado ou alto. Tempo até a recidiva (anos), recorrência no conjunto de dados, frequência alélica e local da recidiva estão indicados. Genes significativos são indicados com base na análise dN/dS a partir do valor q do teste de neutralidade no nível do gene (*qglobalcv ≤0,1). B, Históricos clínicos dos pacientes 2–5. A tabela mostra a idade e o tempo de resposta à terapia endócrina para cada paciente (letrozol). C, Gráficos de dispersão do VAF a partir de dados de sequenciamento do genoma completo (WGS). Comparações pareadas foram feitas para pré-tratamento (biópsias diagnósticas) versus progressão (biópsias cirúrgicas). Todos os pacientes foram tratados com terapia endócrina primária até a progressão. Genes rotulados passaram por dois filtros: motoristas comprovados de câncer de mama e motores de resistência à terapia endócrina em câncer de mama ER+ e escore FATHMM significativo >0,6 (predito como danoso). Variantes detectadas são rotuladas e codificadas por cor de acordo com a detecção no diagnóstico (verde azulado), na progressão (magenta) ou em ambos (cinza). O gene destacado (TP53) é anotado como variante detectada em motores de resistência à terapia endócrina em câncer de mama ER+ conforme a lista abrangente de genes motores de resistência compilada com base em Bertucci et al. (14). Histogramas marginais dos VAFs são mostrados nas laterais de cada gráfico. D, Análise de transcriptômica espacial dos pacientes 1–3. À esquerda, imagens representativas das regiões de interesse (ROI) do paciente 3, pré e pós-tratamento, são mostradas com a coloração relevante. Verde, pan citoqueratina (CK+); amarelo, células imunes (CD45+); roxo, estroma. À direita, UMAPs GeoMx das assinaturas pré-adaptadas SWNE previamente identificadas para expressão aumentada e diminuída de (2), e assinaturas do checkpoint G2–M são mostradas para os pacientes 1–3 (segmento CK+). A biópsia D1 L não foi adequada para análise de transcriptômica espacial devido à má qualidade da amostra e foi excluída de exames adicionais. S1L: biópsia cirúrgica na mama esquerda; S1R: biópsia cirúrgica na mama direita; R1R: recidiva loco-regional após cirurgia na mama direita.