ملخص 5038: التحقق من صحة اختبار شامل لتسلسل الجيل التالي للتحليل السوائل الحيوية للتشخيصات السريرية وتطبيقات التجارب السريرية

الملخص: يوفر التسلسل الجيني للجيل التالي باستخدام الخزعة السائلة نهجًا قويًا غير جراحي لاكتشاف المتغيرات الصبغية المشتقة من الأورام الصلبة بطريقة موازية ضخمة. أصبح التسلسل الجيني للجيل التالي باستخدام الخزعة السائلة بسرعة خيارًا لا يقدر بثمن من تقنيات الاختبار للاستخدام السريري حيث تكون الخزعة النسيجية الغازية غير متاحة و/أو غير كافية للتوصيف الجزيئي. نقدم هنا اختبارًا مستهدفًا للجيل التالي مصممًا ومحققًا خصيصًا لتوصيف الخزعة السائلة. تم تصميم الاختبار لاختبار الحمض النووي الحر والحمض النووي الريبي الحر من بلازما الدم لاكتشاف المتغيرات النووية الفردية (SNV)، والإدخال/الحذف (Indel)، وتغيرات عدد النسخ (CNV)، والاندماجات الجينية الموجودة في 52 جينًا أكثرها تحورًا في السرطانات. تم إجراء التحقق لتقييم دقة الاختبار، والخصوصية، والحساسية، وقابلية التكرار، وإمكانية إعادة الإنتاج، بما في ذلك ضوابط مرجعية محكمة التوصيف، عينات بلازما استعادية من مرضى السرطان، وعينات دم جمعت مستقبلًا من العيادات. تم تضمين ثلاث نسخ مكررة وأُجريت الاختبارات في أوقات مختلفة ومن قبل مشغلين مختلفين لتقييم دقة الاختبار. تم جمع أكثر من 100 عينة دم سريرية في أنابيب Streck cfDNA من مراكز تجارب متعددة، بما في ذلك مرضى المرحلة III-IV الذين لم يتلقوا علاجًا مسبقًا بأورام صلبة (سرطان الرئة، سرطان الثدي، سرطان الدماغ، سرطان البروستاتا، سرطان الكلى، الميلانوما، إلخ) بالإضافة إلى متبرعين أصحاء، وتمت معالجتها خلال 7 أيام للفصل البلازمي واستخراج الحمض النووي الشامل (TNA)، وتم تقييمها بواسطة اختبار الجيل التالي للكشف عن الطفرات. تم التحقق من الطفرات والأنواع البرية المكتشفة باستخدام ddPCR المتعامد. لوحظت حساسية اختبار تصل إلى 0.1% للمتغيرات النووية الفردية والإدخالات/الحذوفات، وتغير مقدار 1.3 ضعف لتغيرات عدد النسخ، و10 نسخ لاندماجات الجينات، مع خصوصية اختبار شبه مثالية (99.99%) عند هذه المستويات الحساسة. في الختام، تم التحقق من صحة اختبار الجيل التالي للخزعة السائلة بطريقة تحليلية تحت إشراف طبي، مع إثبات صرامة الاختبار من خلال حساسيته العالية وخصوصيته ومتانة إمكانية إعادة إنتاجه. تم استخدام الاختبار المحقق لأغراض التشخيص السريري ولدعم جهود البحث والتطوير في التجارب السريرية. صيغة الاقتباس: Xin-Xing Tan, Tricia Peters, Meredith Berry, Kimberly Barber, Kristyn Jeter, Brigitte Lovell, Paula Elizondo, Yanglong Mou, Brad Thomas, Heng Xie, Jiannan Guo. Validation of a comprehensive next-generation sequencing liquid biopsy assay for clinical diagnostics and clinical trial applications abstract. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts) ; 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84 (6Suppl): Abstract nr 5038.