CLUSTAL W：シーケンスの重み付け、位置特異的ギャップペナルティ、ウェイトマトリックス選択による漸進的多重配列アラインメントの感度向上

広く使用されている漸進的多重配列アラインメント法の感度は、異なるタンパク質配列のアラインメントにおいて大幅に向上しました。第一に、部分的なアラインメント内の各配列に個別の重みが割り当てられ、重複に近い配列の重みを下げ、最も多様な配列の重みを上げています。第二に、アラインメントの段階ごとに合わせる配列の多様性に応じてアミノ酸置換マトリックスを変化させます。第三に、残基特異的ギャップペナルティと親水性領域での局所的に低減されたギャップペナルティにより、規則的な二次構造よりも潜在的なループ領域に新しいギャップが形成されやすくなっています。第四に、初期のアラインメントでギャップが開かれた位置には局所的に低減されたギャップペナルティを適用し、これらの位置で新しいギャップの形成を促進します。これらの修正を取り入れた新しいプログラム、CLUSTAL Wは自由に利用可能です。