O Navegador do Genoma Humano na UCSC

À medida que as sequências do genoma de vertebrados se aproximam da conclusão e a pesquisa se redefine para sua análise, a questão da exibição eficaz da anotação genômica torna-se crítica. Uma ferramenta web madura para exibição rápida e confiável de qualquer porção solicitada do genoma em qualquer escala, juntamente com várias dezenas de faixas de anotação alinhadas, está disponível em http://genome.ucsc.edu . Este navegador exibe contigs e lacunas da montagem, alinhamentos de mRNA e de sequências-tipo expressas (ESTs), múltiplas predições de genes, homologias entre espécies, polimorfismos de nucleotídeo único, sítios marcados por sequência, dados de híbridos por radiação, repetições de transposons e mais, como um conjunto de faixas co-registradas. Pesquisas baseadas em texto e sequência fornecem acesso rápido e preciso a qualquer região de interesse específico. Links secundários de características individuais conduzem a detalhes de sequência e bancos de dados adicionais externos. Metade das faixas de anotação são computadas na University of California, Santa Cruz a partir de dados de sequência publicamente disponíveis; colaboradores no mundo todo fornecem o restante. Os usuários podem adicionar estável e pessoalmente suas próprias faixas personalizadas ao navegador para fins educacionais ou de pesquisa. O framework conceitual e técnico do navegador, seu banco de dados MYSQL subjacente e seu uso geral são descritos. O site atualmente serve mais de 50.000 páginas por dia para mais de 3.000 usuários distintos.