Cytoscape : un environnement logiciel pour les modèles intégrés des réseaux d'interactions biomoléculaires

Cytoscape est un projet logiciel open source destiné à intégrer les réseaux d'interactions biomoléculaires avec des données d'expression à haut débit et d'autres états moléculaires dans un cadre conceptuel unifié. Bien qu'applicable à tout système de composants et d'interactions moléculaires, Cytoscape est plus puissant lorsqu'il est utilisé conjointement avec de grandes bases de données d'interactions protéine-protéine, protéine-ADN, et génétiques, de plus en plus disponibles pour l'humain et les organismes modèles. Le noyau logiciel de Cytoscape fournit une fonctionnalité de base pour la disposition et l'interrogation du réseau ; pour intégrer visuellement le réseau avec des profils d'expression, des phénotypes et d'autres états moléculaires ; et pour relier le réseau aux bases de données d'annotations fonctionnelles. Le noyau est extensible via une architecture de plug-in simple, permettant le développement rapide d'analyses computationnelles supplémentaires et de fonctionnalités. Plusieurs cas d'étude de plug-ins Cytoscape sont présentés, incluant une recherche de voies d'interactions corrélées avec des changements d'expression génique, une étude des complexes protéiques impliqués dans la récupération cellulaire aux dommages de l'ADN, l'inférence d'un réseau combiné d'interactions physiques/fonctionnelles pour Halobacterium, et une interface vers des modèles détaillés stochastiques/cinétiques de régulation génique.