Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery

La present tesi doctoral titulada "Immunoinformàtica per guiar el disseny de vacunes i el descobriment de biomarcadors" és un compendi d'articles dividit en una primera part de immunoinformàtica de cèl·lules T i una segona dedicada a estudis en cèl·lules B. Els articles de cèl·lules T engloben el desenvolupament de mètodes computacionals per a la predicció de la immunogenicitat d'epítops T i la predicció del seu processant antigènic (Article 1. PredIG i Article 2. NetCleave). A més, aquests mètodes són aplicats pel disseny de vacunes dirigides a cèl·lules T contra malalties infeccioses víriques (Articles 3 i 4) i pel descobriment de biomarcadors de resposta per a inhibidors de punts de control immunitaris en el context de les immunoteràpies de càncer (Article 5). La part de cèl·lules B està organitzada de forma similar enllaçant el desenvolupament d'un flux de treball computacional per a refinar les prediccions d'epítops B (Article 6. Brewpitopes); seguida per aplicacions en el desenvolupament d'anticossos terapèutics contra la COVID-19 (Article 7); i la composició d'una signatura d'anticossos per a la detecció precoç de càncer de pulmó (Article 8). La troballa principal d'aquest treball és el desenvolupament de predictors d'epítops i fluxos de treball computacionals focalitzats en el refinament de la immunogenicitat i l'antigenicitat d'epítops T i B respectivament. A més de la seva aplicació translacional per a guiar, de forma efectiva i comprensiva, projectes de disseny de vacunes i descobriment de biomarcadors en malalties víriques i càncer.