Meiofauna as indicator of natural and anthropogenic pressures : moving forward functional trait and imagery approaches

La méiofaune est présente dans une grande diversité d’habitats aquatiques, des environnements marins aux eaux saumâtres et douces. Ces organismes, hautement diversifiés et abondants, contribuent au cycle des nutriments, au déplacement de la matière dans les sédiments. Ils occupent une place clé dans la chaîne trophique, et jouent un rôle essentiel dans les écosystèmes. Leur métabolisme rapide et leur sensibilité aux variations environnementales en font des bioindicateurs idéaux pour évaluer la qualité des sédiments et les impacts des pressions anthropiques ou naturelle. Cette thèse propose une approche innovante basée sur la taxonomie et l’analyse des traits fonctionnels, qui reflètent les fonctions écologiques des organismes, et le développement de méthodes d’imagerie pour l’étude de la méiofaune. L’objectif principal est d’évaluer si ces approches permettent de détecter et de caractériser les impacts naturels et anthropiques sur divers écosystèmes sédimentaires. Après avoir défini les traits fonctionnels chez les nématodes, leur pertinence écologique a été explorée dans différents écosystèmes. En parallèle, des outils d’imagerie ont été développés et testés pour leur efficacité dans ce contexte. Enfin, une analyse comparative a été menée : d'une part, un suivi écologique des foraminifères a révélé leur potentiel comme bioindicateurs dans un écosystème côtier soumis à des pressions multiples, et d'autre part, une méthode combinant traits fonctionnels et imagerie a permis d’évaluer l’impact du chalutage profond sur les sédiments. Ces résultats renforcent l’intérêt de ses différentes approches fonctionnelles et par imagerie afin de mieux comprendre et de surveiller les écosystèmes marins.