Genomas de peces óseos: Estado y vacíos

Los peces óseos constituyen un grupo de vertebrados acuáticos excepcionalmente rico en especies, que comprende más del 95% de todos los peces vivos. Los procesos adaptativos sobre la diversidad de ambientes que habitan los convierten en un grupo altamente diverso desde los puntos de vista taxonómico, morfológico y evolutivo. Además, entre sus miembros encontramos especies de alto valor económico para la acuicultura y la pesca global. Esto ha atraído la atención de múltiples campos de investigación, desde la ecología o biología evolutiva hasta la genómica comparativa. Sin embargo, los estudios biológicos o evolutivos profundos requieren recursos genómicos adecuados, particularmente genomas de referencia de alta calidad, a través de múltiples especies y grupos taxonómicos. Aquí, revisamos el estado actual de los ensamblajes del genoma de peces óseos de acceso abierto, con especial énfasis en los vacíos existentes a lo largo de su filogenia. Recientemente, ha habido un auge de información y hasta 1744 genomas están disponibles, en su mayor parte liberados en los últimos 5 años. Están distribuidos en 67 de los 72 órdenes reconocidos, donde Cichliformes, Perciformes, Siluriformes, Cypriniformes y Cyprinodontiformes aparecen sobrerrepresentados, y en 268 familias de las 514 reconocidas. En general, estas cifras cubren alrededor del 5% de todas las especies de peces óseos descritas. A pesar de que cinco órdenes y 14 familias a nivel de orden incertae sedis (principalmente percomorfos) carecen de representación genómica, los datos de secuenciación de alto rendimiento para la mayoría de los vacíos están disponibles en el repositorio Sequence Read Archive del Centro Nacional de Información Biotecnológica. Los futuros esfuerzos de secuenciación destinados a mejorar la calidad del ensamblaje y llenar los vacíos en la filogenia de los peces, en paralelo a la evolución de las tecnologías de secuenciación y ensamblaje, mejorarán nuestra capacidad para responder a preguntas evolutivas abiertas en los peces óseos y proporcionarán herramientas genómicas para impulsar la producción de peces.