الجينات المستجيبة للتحفيز تكشف بصمات الإشارة في تعبير الجينات السرطانية

يمكن أن يسبب الإشارات الخلوية الشاذة السرطان وأمراض أخرى، وهي نقطة محورية في أبحاث الأدوية. النهج الشائع هو استنتاج نشاط الإشارات في المسارات من تعبير الجينات. ومع ذلك، فإن ربط تعبير الجينات بمكونات المسار يتجاهل تأثير التعديلات بعد الترجمة، وتمثل التواقيع اللاحقة ظروفًا تجريبية محددة للغاية. هنا نقدم PROGENy، وهي طريقة تتغلب على هذين القيدين من خلال الاستفادة من مجموعة كبيرة من التجارب التحفيزية المتاحة علنًا لتوليد نواة مشتركة من الجينات المستجيبة للمسار. على عكس طرق رسم الخرائط للمسار، يمكن لـ PROGENy (i) استعادة تأثير الطفرات الدافعة المعروفة، (ii) تقديم أو تحسين علامات قوية لمؤشرات الأدوية، و (iii) التمييز بين المسارات المسببة للسرطان والمسارات المقاومة للورم من حيث بقاء المرضى. مجتمعة، تُظهر هذه النتائج أن PROGENy يستنتج بدقة نشاط المسار من تعبير الجينات في مجموعة واسعة من الظروف.