Die Konsensussequenz des Verzweigungspunktes beim Menschen ist yUnAy

Hefe besitzt eine streng konservierte Verzweigungspunktsequenz (BPS) von UACUAAC, während der menschliche BPS degenerativ ist und weniger gut charakterisiert wurde. Die menschliche Konsensus-BPS wurde bisher noch nie umfassend in vitro untersucht. Hier sequenzierten wir 367 Klone von Lariat-RT-PCR-Produkten, die aus 52 Introns von 20 menschlichen Housekeeping-Genen stammen. Unter den 367 Klonen wurde in 181 Klonen ein fehlinkorporierter Nukleotid am Verzweigungspunkt beobachtet, bei denen wir den Verzweigungspunkt genau bestimmen können. Die Verzweigungspunkte bestanden aus 92,3 % A, 3,3 % C, 1,7 % G und 2,8 % U. Unsere Analyse zeigte, dass der menschliche Konsensus-BPS einfach yUnAy ist, wobei der unterstrichene Buchstabe der Verzweigungspunkt an Position Null ist und die klein geschriebenen Pyrimidine ('y') nicht so stark konserviert sind wie das großgeschriebene U und A. Wir fanden heraus, dass die Verzweigungspunkte in 83 % der Klone 21–34 Nukleotide stromaufwärts des 3'-Endes eines Introns liegen. Außerdem stellten wir fest, dass der Polypyrimidin-Trakt 4–24 Nukleotide stromabwärts des Verzweigungspunktes umfasst. Unsere Analyse zeigt, dass die menschlichen BPS degenerativer sind als erwartet und dass die menschlichen BPS wahrscheinlich in Kombination mit dem Polypyrimidin-Trakt und/oder anderen cis-Splicing-Elementen erkannt werden.