Eine autochthone CRISPR-Aktivierungs-Screening-Plattform zur Charakterisierung gewebespezifischer Onkogen-Selektion

Menschliche Adenokarzinome zeigen gewebespezifische Mutations- und Kopierzahlenmuster, die auf unterschiedliche selektive Druckverhältnisse und verschiedene Onkogenabhängigkeiten hinweisen. Hier verwenden wir unsere FiCASCan-Plattform, um zu testen, ob in vivo CRISPR-Aktivierungs-Screenings die Onkogen-Selektion während der Tumorinitiierung nachbilden können. Unter Verwendung von CRISPRa-kompetenten PPKS-Mäusen und intranasaler oder intraduktaler Verabreichung von gepooltem Lentivirus screenen wir häufig amplifizierte und mutierte Gene in autochthonen Lungen- und Pankreaskarzinom-Modellen. Wir beobachten eine starke Selektion für die Aktivierung von Egfr, Myc, Sox2 und Pik3cb in Lungentumoren und eine nahezu vollständige Dominanz von Myc in Pankreastumoren, was beeindruckende gewebespezifische Unterschiede offenbart. In unserem Modell unterdrückt die Sox2-Aktivierung das Nkx2-1-Signal und treibt ein aggressives muköses Lungenadenokarzinom voran. Die MYC-Aktivierung im Pankreas spiegelt die MYC-Amplifikation beim menschlichen PDAC wider, einschließlich der Entstehung eines immunkalten Mikroenvironment. Insgesamt zeigen unsere Ergebnisse, dass in vivo CRISPR-Aktivierungs-Screenings die Onkogen-Selektion zuverlässig erfassen und einen leistungsfähigen Ansatz zur Untersuchung der Tumorinitiierung und -progression bieten.